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Staphylococcus Regulatory RNA Database (SRD)

Base de données regroupant l'ensemble des ARN régulateurs identifiés chez Staphylococcus aureus

heatmap de présence et absence des ARN régulateurus
  1. Construction de la base de données SRD
  2. Caractéristiques spécifiques de SRD
  3. Accessibilité et mises à jour

Construction de la base de données SRD

Nous avons collectés l'ensemble de séquences publiées et effectué une comparaison avec le programme BLAST. A partir de cette liste de 984 séquences nous avons éliminés toutes les redondances et les séquences répétées pour arriver à une liste de 575 ARN régulateurs.

Caractéristiques spécifiques de SRD

SRD regroupe quelques caractéristiques spécifiques:

  • Analyse fine des ARN régulateurs publiés

  • Création d'identifiants simples et uniques pour S. aureus : srn pour "Staphylococcus RiboNucleotide"

  • Présence de nombreux fichiers au format GFF téléchargeable pour effectuer des analyses de type RNAseq sur les ARN régulateurs                   

  • Programmes BLAST et intaRNA implémentées dans SRD          

  • Prédiction des structures secondaires des ARN régulateurs disponibles et précalculées avec le programe mfold

  • Visualisation de la distribution des ARN régulateurs sur le chromosome

     

    vue d'ensemble de SRD

     

Accessibilité et mises à jour

SRD a été rendue publique le 24 Mars 2015 après la parution de l'article associé dans la revue RNA.
La base de données est accessible sur le site srd.genouest.org. SRD est mise à jour régulièrement par nos équipes.

Dernière mise à jour : 11 Juillet 2017.