Construction de la base de données SRD
Nous avons collectés l'ensemble de séquences publiées et effectué une comparaison avec le programme BLAST. A partir de cette liste de 984 séquences nous avons éliminés toutes les redondances et les séquences répétées pour arriver à une liste de 575 ARN régulateurs.
Caractéristiques spécifiques de SRD
SRD regroupe quelques caractéristiques spécifiques:
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Analyse fine des ARN régulateurs publiés
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Création d'identifiants simples et uniques pour S. aureus : srn pour "Staphylococcus RiboNucleotide"
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Présence de nombreux fichiers au format GFF téléchargeable pour effectuer des analyses de type RNAseq sur les ARN régulateurs
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Programmes BLAST et intaRNA implémentées dans SRD
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Prédiction des structures secondaires des ARN régulateurs disponibles et précalculées avec le programe mfold
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Visualisation de la distribution des ARN régulateurs sur le chromosome
vue d'ensemble de SRD
Accessibilité et mises à jour
SRD a été rendue publique le 24 Mars 2015 après la parution de l'article associé dans la revue RNA.
La base de données est accessible sur le site srd.genouest.org. SRD est mise à jour régulièrement par nos équipes.
Dernière mise à jour : 11 Juillet 2017.
