Yoann AUGAGNEUR

Maître de Conférences

Yoann AUGAGNEUR

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  1. Parcours scientifique
  2. Activités de recherche
  3. Encadrement scientifique
  4. Compétences
  5. Activités d’enseignements
  6. Publications
  7. Offre de stage

Dans le cadre de mes activités de recherche je m’intéresse principalement à (1) identifier de nouveaux ARN régulateurs, (2) rechercher s’il existe des marqueurs génomiques ou transcriptomiques indicateurs de la sévérité d’une infection et (3) recherche les cibles directes des ARN régulateurs afin d’en déterminer leur rôle et fonction biologique.

Afin de pouvoir initier ces différents projets de recherches, nous avons créé en 2015 une base de données répertoriés tous les ARN régulateurs de Staphylococcus aureus (SRD, http://srd.genouest.org/).

Parcours scientifique

Thèse de doctorat (2003-2007): Métabolisme du L-malate et du citrate chez Oenococcus oeni et Lactococcus lactis. Université de Bourgogne.

Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche (2007-2009): Etude du système agr de Listeria monocytogenes. INRA Dijon – Université de Bourgogne.

Stage postdoctoral (2009-2012): Malaria – Metabolism and RNA therapy. Yale University (USA).

• Habilitation à Diriger les Recherche (2019). Université de Rennes 1.
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Activités de recherche

Identification de nouveaux ARN régulateurs bactériens
Au cours de la dernière décénnie, de nouveaux ARN régulateurs ont été découverts chez le pathogène humain Staphylococcus aureus. Nos récents efforts dans la mise en place des techniques de séquençage à haut-débit (NGS) couplés à la création de la base de données SRD a rapidement suggérer l’éxistence d’autres ARN régulateurs. Nous combinons le séquençage ARN-haut débit avec l’utilisation d’outils de bioinformatiques pour identifier des régions transcites au sein des régions intergéniques. Ensuite, nous validons expérimentalement chaque candidats sélectionnés et étudions leur profils d’expression dans différentes conditions de stress. Nous avons ainsi découverts une région inédite regroupant cinq ARN régulateurs dans un locus inférieur à 650 nucléotides.

Recherche des cibles directes des ARN régulateurs de Staphylococcus aureus
Une des principales difficultés dans l'étude des ARN régulateurs bactériens consiste à identifier leurs cibles moléculaires (ARNm ou protéines) afin d'en élucider la fonction biologique. Dans ce cadre, nous utilisons ou développons différents outils permettant d'identifier les cibles directes ou indirectes de ces ARN régulateurs.

Recherche de marqueurs génomiques ou transcriptomiques indicateurs de la sévérité d’une infection à Staphylocoque doré
A partir d'isolats issus de porteur sains ou d'individus ayant contracté une infection sévère ou non à staphylocoque doré, nous utilisons des approches de génomiques et de transcriptomiques pour déterminer s'il est possible de distinguer au niveau génomique ou transcriptomiques des souches ayant données une infection de celle isolées sur un porteur sain.

 

Encadrement scientifique

Julie Legros, stage M1 et stage M2
Thomas Morvan, stage d'inititation à la recherche (étudiant en pharmacie)
Alexis Bourgoin, stage d'inititation à la recherche (étudiant en pharmacie)
Claire Lippold, stage M2
Julie Bronsard, stage M2 et Thèse de doctorat
Mohamed Sassi, Postdoc
Gaétan Pascreau, Postdoc (ATER)
Marie-Emmanuelle Sahuc, stage M1
Mélanie Pélouin, stage DUT
Hélène Cochet, stage BTS

Compétences

Microbiologie, biologie moléculaire, expression des gènes, clonages, technique de séquençage à haut-débit, NGS

Activités d’enseignements

J'enseigne principalement en Faculté de pharmacie au sein du département de biochimie pharmaceutique. Je donne des cours magistraux et des travaux pratiques aux étudiants de 2ème année jusqu’en 4ème année. J'enseigne la structure et l'activité des protéines, la biosynthèse du cholestérol et de l'hème, le métabolisme phosphocalcique et les maladies de l'hémoglobine. J’interviens également dans le cursus Sciences de la vie (Licence et Master) sur le campus de Beaulieu. J'y enseigne les approches de liaison et d’affinité entre le ligand et le récepteur et je me concentre également sur l'utilisation du Séquençage de dernière génération (NGS) pour l’étude de l'expression des gènes.
 

Publications

Liste des publications indexées dans Pubmed : AUGAGNEUR Y

Offre de stage

Characterization of an atypical non-coding RNA and its mechanisms of action in the human pathogen Staphylococcus aureus :

The emergence of bacterial pathogens multi-resistant to antibiotics is a major public health issue. In Europe, 33,000 people die every year from bacteria resistant to antibiotics, including 7,000 due to Staphylococcus aureus. S. aureus is a human commensal but also a deadly pathogen. During the transition from colonization to infection, bacteria induce or suppress the expression of many genes via transcription factors and regulatory RNAs (sRNAs). The latter are involved in various processes including virulence and resistance to antibiotics. While they were originally considered as expressed from the intergenic regions or in the opposite direction from their targets, several examples show that some escape this rule (Wang et al, 2019). Our work on S. aureus led to the establishment of a database on regulatory RNAs (Sassi et al, 2015; srd.genouest.org) and then, to the identification of novel sRNAs (Bronsard et al, 2017). One of them, Srn_9342, has atypical features. It is the first example of an sRNA expressed in S. aureus with two distinct forms from the 3 ’region of a mRNA.

The project will mainly revolve around the characterization of Srn_9342 and the determination of its functions in the bacterium. The identification of RNA targets of Srn_9342 by affinity coupled to high-throughput sequencing (MAPS) revealed numerous regulatory RNAs and messengers coding actors of virulence, stress adaptation and antibacterial resistance. We hypothesize a role of sponge with other regulatory RNA as described in Salmonella (Miyakoshi et al, 2015).

During the internship, we will (i) characterize the expression of the two forms of Srn_9342, (ii) identify the regulatory mechanisms and, (iii) explore the impact of the deletion and overexpression of Srn_9342 on bacterial physiology.

Unlike the few examples reported in Gram-negative bacteria, this project could lead to the emergence of a new class of multifunctional regulatory RNAs in S. aureus: sponge of regulatory RNA and regulator of gene expression. The characterization of Srn_9342 could bring new knowledge in the function of regulatory RNAs and participate in the emergence of new therapeutic strategies targeting regulatory RNAs.

The student must have solid knowledge in molecular biology (cloning, gene expression by Northern blot and RT-qPCR), in biochemistry (gel retardation assay etc.) and be interested in the microbiology of pathogens. The student must have a pronounced taste for curiosity and demonstrate scientific rigor.

For more informations regarding the methodology and the techniques used do not hesitate to contact me at yoann.augagneur@univ-rennes1.fr