Yoann AUGAGNEUR

Maître de Conférences

Yoann AUGAGNEUR

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  1. Parcours scientifique
  2. Activités de recherche
  3. Encadrement scientifique
  4. Compétences
  5. Activités d’enseignements
  6. Publications

Dans le cadre de mes activités de recherche je m’intéresse principalement à (1) identifier de nouveaux ARN régulateurs, (2) rechercher s’il existe des marqueurs génomiques ou transcriptomiques indicateurs de la sévérité d’une infection et (3) recherche les cibles directes des ARN régulateurs afin d’en déterminer leur rôle et fonction biologique.

Afin de pouvoir initier ces différents projets de recherches, nous avons créé en 2015 une base de données répertoriés tous les ARN régulateurs de Staphylococcus aureus (SRD, http://srd.genouest.org/).

Parcours scientifique

Thèse de doctorat (2003-2007): Métabolisme du L-malate et du citrate chez Oenococcus oeni et Lactococcus lactis. Université de Bourgogne.

Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche (2007-2009): Etude du système agr de Listeria monocytogenes. INRA Dijon – Université de Bourgogne.

Stage postdoctoral (2009-2012): Malaria – Metabolism and RNA therapy. Yale University (USA).

Activités de recherche

Identification de nouveaux ARN régulateurs bactériens
Au cours de la dernière décénnie, de nouveaux ARN régulateurs ont été découverts chez le pathogène humain Staphylococcus aureus. Nos récents efforts dans la mise en place des techniques de séquençage à haut-débit (NGS) couplés à la création de la base de données SRD a rapidement suggérer l’éxistence d’autres ARN régulateurs. Nous combinons le séquençage ARN-haut débit avec l’utilisation d’outils de bioinformatiques pour identifier des régions transcites au sein des régions intergéniques. Ensuite, nous validons expérimentalement chaque candidats sélectionnés et étudions leur profils d’expression dans différentes conditions de stress. Nous avons ainsi découverts une région inédite regroupant cinq ARN régulateurs dans un locus inférieur à 650 nucléotides.

Recherche des cibles directes des ARN régulateurs de Staphylococcus aureus
Une des principales difficultés dans l'étude des ARN régulateurs bactériens consiste à identifier leurs cibles moléculaires (ARNm ou protéines) afin d'en élucider la fonction biologique. Dans ce cadre, nous utilisons ou développons différents outils permettant d'identifier les cibles directes ou indirectes de ces ARN régulateurs.

Recherche de marqueurs génomiques ou transcriptomiques indicateurs de la sévérité d’une infection à Staphylocoque doré
A partir d'isolats issus de porteur sains ou d'individus ayant contracté une infection sévère ou non à staphylocoque doré, nous utilisons des approches de génomiques et de transcriptomiques pour déterminer s'il est possible de distinguer au niveau génomique ou transcriptomiques des souches ayant données une infection de celle isolées sur un porteur sain.

 

Encadrement scientifique

Claire Lippold, stage M2
Julie Bronsard, stage M2 et Thèse de doctorat
Mohamed Sassi, stagiaire postdoctoral
Gaétan Pascreau, ATER
Marie-Emmanuelle Sahuc, stage M1
Mélanie Pélouin, stage DUT
Hélène Cochet, stage BTS

Compétences

Microbiologie, biologie moléculaire, expression des gènes, clonages, technique de séquençage à haut-débit, NGS

Activités d’enseignements

J'enseigne principalement en Faculté de pharmacie au sein du département de biochimie pharmaceutique. Je donne des cours magistraux et des travaux pratiques aux étudiants de 2ème année jusqu’en 4ème année. J'enseigne la structure et l'activité des protéines, la biosynthèse du cholestérol et de l'hème, le métabolisme phosphocalcique et les maladies de l'hémoglobine. J’interviens également dans le cursus Sciences de la vie (Licence et Master) sur le campus de Beaulieu. J'y enseigne les approches de liaison et d’affinité entre le ligand et le récepteur et je me concentre également sur l'utilisation du Séquençage de dernière génération (NGS) pour l’étude de l'expression des gènes.
 

Publications

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